blast用sequence_serverのセットアップ

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blast用sequence_serverのセットアップ [2022/12/15 02:15] – 133.11.50.163blast用sequence_serverのセットアップ [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
行 1: 行 1:
-# sequence server 2のセットアップ手順 
  
-``` 
-name=sskuro 
-port=9392 
-dbpath=/data2/sequenceserver/$name 
-sudo mkdir $dbpath 
-docker run -it --name $name -p $port:4567 -v $dbpath:/db wurmlab/sequenceserver:2.0.0 
-#Ctrl-Cで停止 
-docker update --restart=always $name 
-#OS起動時にいつでも起動するように設定して、$port ポートで待ち受け。上の例だと9392 
-#ルータのポート変換を設定して http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp:9392/ でアクセス可能に。 
- 
-#blast dbを作るときは、 
-/suikou/tool/ncbi-blast-2.13.0+/bin/makeblastdb -in test4.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -hash_index 
-docker restart $name 
-``` 
- 
-|m768の公開ポート|用途| 
-|4567|研究室内用Sequence Server2| 
-|3000|研究室内容DB編集| 
-|9392|黒河内さん用Sequence Server2| 
- 
-# Dockerを使う方法 (古い手順) 
- 
-適当なディレクイトリにBLASTのデータベースファイルを置いておく。/data2/blast/flatworm/db/とか、/data2/fujimura/blastserverとか。 
- 
-``` 
-docker run --name brave_minsky -p 3030:4567 -v /suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/:/suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/ -v /data2/fujimura/blastserver:/db wurmlab/sequenceserver:2.0.0.rc8 
- 
-docker stop brave_minsky 
-``` 
- 
-で、dockerコンテナを作っておく。 
- 
-/etc/systemd/system/sequenceserver.serviceを作る。3030番ポートを公開する場合の例。 
- 
-``` 
-[Unit] 
-Description=sequence server 
-Requires=docker.service 
-After=syslog.target network.target 
- 
-[Service] 
-#ExecStart=/usr/bin/docker run --rm -ti -p 3030:4567 -v /suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/:/suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/ -v /data2/fujimura/blastserver:/db wurmlab/sequenceserver:2.0.0.rc8 
-ExecStart=/usr/bin/docker start -a brave_minsky 
-ExecStop=/usr/bin/docker stop -t 10 brave_minsky 
-Restart=always 
-User=yoshitake.kazutoshi 
- 
-[Install] 
-WantedBy=default.target 
-``` 
- 
-``` 
-sudo systemctl start sequenceserver 
-sudo systemctl enable sequenceserver 
-``` 
- 
-192.168.251.1のポート開放設定で、3030を192.168.251.107 (m768)に転送するように設定する。 
- 
-# Apacheに直接追加する場合 
- 
-適当なフォルダに、 
- 
-``` 
-/data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11 
-/data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11.conf 
-``` 
- 
-をコピーし、適当にdbフォルダを作って、```sequenceserver-1.0.11/config.ru```と、```sequenceserver-1.0.11.conf```を編集する。 
- 
-/etc/httpd/conf/httpd.confに下記を追加する。 
- 
-``` 
-Alias /ss-flatworm /data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11/public 
-<Location /ss-flatworm> 
-    PassengerBaseURI /ss-flatworm 
-    PassengerAppRoot /data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11 
-</Location> 
-<Directory /data2/blast/flatworm/sequenceserver-1.0.11/public> 
-    Options -MultiViews 
-    Require all granted 
-</Directory> 
-``` 
- 
-``` 
-sudo systemctl restart httpd.service 
-``` 
- 
-最新版のsequenceserver2は、rubyのbundleをインストールするあたりで環境を壊してしまったので、バックアップからrubyを復元した。 
  • blast用sequence_serverのセットアップ.1671070514.txt.gz
  • 最終更新: 2022/12/15 02:15
  • by 133.11.50.163