blast用sequence_serverのセットアップ

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blast用sequence_serverのセットアップ [2021/06/05 04:09] – 作成 118.240.79.152blast用sequence_serverのセットアップ [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
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-# Dockerを使う方法 
  
-適当なディレクイトリにBLASTのデータベースファイルを置いておく。/data2/blast/flatworm/db/とか、/data2/fujimura/blastserverとか。 
- 
-``` 
-docker run --name brave_minsky -p 3030:4567 -v /suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/:/suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/ -v /data2/fujimura/blastserver:/db wurmlab/sequenceserver:2.0.0.rc8 
- 
-docker stop brave_minsky 
-``` 
- 
-で、dockerコンテナを作っておく。 
- 
-/etc/systemd/system/sequenceserver.serviceを作る。3030番ポートを公開する場合の例。 
- 
-``` 
-[Unit] 
-Description=sequence server 
-Requires=docker.service 
-After=syslog.target network.target 
- 
-[Service] 
-#ExecStart=/usr/bin/docker run --rm -ti -p 3030:4567 -v /suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/:/suikou/files/m16/yoshitake.kazutoshi/work/fishgenome/ -v /data2/fujimura/blastserver:/db wur 
-mlab/sequenceserver:2.0.0.rc8 
-ExecStart=/usr/bin/docker start -a brave_minsky 
-ExecStop=/usr/bin/docker stop -t 10 brave_minsky 
-Restart=always 
-User=yoshitake.kazutoshi 
- 
-[Install] 
-WantedBy=default.target 
-``` 
- 
-``` 
-sudo systemctl start sequenceserver 
-sudo systemctl enable sequenceserver 
-``` 
- 
-192.168.251.1のポート開放設定で、3030を192.168.251.107 (m768)に転送するように設定する。 
  • blast用sequence_serverのセットアップ.1622866143.txt.gz
  • 最終更新: 2021/06/05 04:09
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