差分
このページの2つのバージョン間の差分を表示します。
| 両方とも前のリビジョン 前のリビジョン 次のリビジョン | 前のリビジョン | ||
| blastの使い方 [2021/04/19 16:58] – 118.240.79.152 | blastの使い方 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
|---|---|---|---|
| 行 1: | 行 1: | ||
| - | # BLASTの使い方 CLC編 | ||
| - | 1．まず大前提として検索したい配列が必要になる。配列を入手するには最初はNCBI Nucleotideのページを見ると良い。https:// | ||
| - | |||
| - | 2．covid 19を検索してみると、次のような結果が得られる。 | ||
| - | |||
| - | {{: | ||
| - | |||
| - | 3．一番上のReference Genomeを開くと詳細な情報が表示される。欲しいのはDNAの配列情報なので、右上の「Send to: | ||
| - | |||
| - | {{: | ||
| - | |||
| - | 4．CLCの「Standard Import」からダウンロードしたsequence.fastaをインポートする。 | ||
| - | |||
| - | {{: | ||
| - | |||
| - | 5．いろいろなBlastを実行することになると思うけど、一番多いのは、アセンブルした結果のコンティグをデータベースとして、特定の遺伝子の場所、配列を見つけることだと思う。そこで、CLCで「BLAST」→「Create BLAST Database」でまずはデータベースを作成する。 | ||
| - | |||
| - | {{: | ||
| - | |||
| - | ついでに言うと、BLAST at NCBIは何かNCBIのアップデートが入ったのか、エラーで動かないので、NCBI NT/ | ||
| - | |||
| - | 6．データベースにしたいアセンブルした結果のコンティグを選択。 | ||
| - | |||
| - | {{: | ||
| - | |||
| - | 7．名前などはそのままでFinish。 | ||
| - | |||
| - | {{: | ||
| - | |||
| - | 8．BLASTを実行するため、BLASTをダブルクリックする。 | ||
| - | |||
| - | {{: | ||
| - | |||
| - | 9．選択する要素は、BLASTのクエリーにしたい配列（例：特定の遺伝子配列など、NCBI Nucleotideでダウンロードした配列）。 | ||
| - | |||
| - | {{: | ||
| - | |||
| - | 10．BLAST databaseには、先ほど作成したデータベースを選択する。 | ||
| - | |||
| - | {{: | ||
| - | |||
| - | [query]DNA< | ||
| - | |||
| - | [query]Protein< | ||
| - | |||
| - | 11．その他のパラメータはとりあえずデフォルトのままNext。極端に短い配列（例えば10塩基など）を検索したい場合は、Word sizeを適当に小さい値に変更してみる。 | ||
| - | |||
| - | 12．Blastの結果が見られる。 | ||
| - | |||
| - | {{: | ||
| - | |||
| - | ただ、正直あまり使い勝手は良くない。なので、研究室のサーバにインストールしているローカルBLASTサーバを用いるほうが良さそう。 | ||
| - | |||
| - | # BLASTの使い方 SequenceServer編 | ||
| - | |||
| - | 1．手元にクエリーとなるFASTA配列と、データベースとなるFASTA配列がそれぞれあるとする。CLCからFASTA配列のエクスポートは[[clcの使い方# | ||
| - | |||
| - | 2．まずはデータベースを作成する。[[http:// | ||
| - | |||
| - | 3．データを登録したら、[[http:// | ||