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| blastの使い方 [2021/04/19 16:49] – 作成 118.240.79.152 | blastの使い方 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
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| - | # BLASTの使い方 CLC編 | ||
| - | 1．まず大前提として検索したい配列が必要になる。配列を入手するには最初はNCBI Nucleotideのページを見ると良い。https:// | ||
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| - | 2．covid 19を検索してみると、次のような結果が得られる。 | ||
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| - | 3．一番上のReference Genomeを開くと詳細な情報が表示される。欲しいのはDNAの配列情報なので、右上の「Send to: | ||
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| - | 4．CLCの「Standard Import」からダウンロードしたsequence.fastaをインポートする。 | ||
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| - | 5．いろいろなBlastを実行することになると思うけど、一番多いのは、アセンブルした結果のコンティグをデータベースとして、特定の遺伝子の場所、配列を見つけることだと思う。そこで、CLCで「BLAST」→「Create BLAST Database」でまずはデータベースを作成する。 | ||
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| - | ついでに言うと、BLAST at NCBIは何かNCBIのアップデートが入ったのか、エラーで動かないので、NCBI NT/ | ||
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| - | 6．データベースにしたいアセンブルした結果のコンティグを選択。 | ||
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| - | 7．名前などはそのままでFinish。 | ||
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| - | 8．BLASTを実行するため、BLASTをダブルクリックする。 | ||
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| - | 9．選択する要素は、BLASTのクエリーにしたい配列（例：特定の遺伝子配列など、NCBI Nucleotideでダウンロードした配列）。 | ||
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| - | 10．BLAST databaseには、先ほど作成したデータベースを選択する。 | ||
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| - | [query]DNA< | ||
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| - | [query]Protein< | ||
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| - | 11．その他のパラメータはとりあえずデフォルトのままNext。極端に短い配列（例えば10塩基など）を検索したい場合は、Word sizeを適当に小さい値に変更してみる。 | ||
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| - | 12． | ||