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| blastあれこれ [2018/05/23 05:48] – 作成 133.11.222.89 | blastあれこれ [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
|---|---|---|---|
| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ====== BLASTの-outfmtの種類一覧 ====== | ||
| - | ヘルプで見ろって話なんだけど不精なのでまとめておく。引用：[[http:// | ||
| - | |||
| - | < | ||
| - | 0 = pairwise, | ||
| - | 1 = query-anchored showing identities, | ||
| - | 2 = query-anchored no identities, | ||
| - | 3 = flat query-anchored, | ||
| - | 4 = flat query-anchored, | ||
| - | 5 = XML Blast output, | ||
| - | 6 = tabular, | ||
| - | 7 = tabular with comment lines, | ||
| - | 8 = Text ASN.1, | ||
| - | 9 = Binary ASN.1, | ||
| - | 10 = Comma-separated values, | ||
| - | 11 = BLAST archive format (ASN.1) | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | タブ区切りで出力してくれるoutfmt 6をよく使う。アライメント状況とかを見たいときはデフォルト（0）で。 | ||
| - | |||
| - | ====== outfmt6で出力した表の見方 ====== | ||
| - | |||
| - | outfmtに6を指定して出力したリザルトは | ||
| - | < | ||
| - | qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore | ||
| - | </ | ||
| - | という並びになっている。 | ||
| - | |||
| - | 意味は | ||
| - | < | ||
| - | qseqid クエリの配列名 | ||
| - | sseqid 検索対象の配列名 | ||
| - | pident Percentage of identical matches | ||
| - | length アラインメントの長さ | ||
| - | mismatch アラインメントのミスマッチ数 | ||
| - | gapopen ギャップの開始位置の数 | ||
| - | qstart クエリの中のアラインメントの開始位置 | ||
| - | sstart 検索対象の配列のアライメントの開始位置 | ||
| - | send 検索対象の配列のアラインメントの終了位置 | ||
| - | evalue E-value | ||
| - | bitscore Bit score | ||
| - | </ | ||
| - | また、outfmtに7を指定すると好みの値のみ取ってくることができる。使えるパラメータは以下の通り（これも引用） | ||
| - | < | ||
| - | qgi Query GI | ||
| - | qacc Query accesion | ||
| - | qaccver Query accesion.version | ||
| - | sseqid 検索対象の配列名 | ||
| - | sallseqid All subject Seq-id(s), separated by a ';' | ||
| - | sgi Subject GI | ||
| - | sallgi All subject GIs | ||
| - | sacc Subject accession | ||
| - | saccver Subject accession.version | ||
| - | sallacc All subject accessions | ||
| - | qend クエリの中のアラインメントの終了位置 | ||
| - | qseq クエリのアラインメント配列 | ||
| - | sseq 検索対象のアラインメント配列 | ||
| - | score Raw score | ||
| - | nident Number of identical matches | ||
| - | positive Number of positive-scoring matches | ||
| - | gaps ギャップ数 | ||
| - | ppos マッチの割合％ | ||
| - | frames Query and subject frames separated by a '/' | ||
| - | qframe Query frame | ||
| - | sframe Subject frame | ||
| - | btop Blast traceback operations (BTOP) | ||
| - | </ | ||