2024-メタゲノム・edna [講義ノート]

2024-メタゲノム・edna

このページの2つのバージョン間の差分を表示します。

この比較画面へのリンク

--- 2024-メタゲノム・edna [2024/10/30 13:40] – [1. FASTQ→FASTA変換] suikou
+++ 2024-メタゲノム・edna [2024/11/07 05:55] (現在) – yonezawa
@@ 行 43: / 行 43: @@
 班：チーズ
+{{:266684.jpg?400|}}
 ## PCR結果まとめ
@@ 行 82: / 行 84: @@
 これからダウンロードするファイルを入れるディレクトリを作成し、その中にすべてのファイルをダウンロードします。とりあえずここではダウンロードフォルダの中に「2024jissyu」というフォルダを作り、そこにこれからダウンロードするファイルを全部移動させたことを前提に書いてあります。（注意：今回使用するプログラムはフォルダ名が日本語になっていると正常動作しません。もしWindowsで「C:\Users\XXX\Downloads\東大学生実験\2024jissyu」などとパスに日本語が含まれる場合は、「C:\Users\XXX\Downloads\2024jissyu」など途中に日本語フォルダを挟まないフォルダを作ってその中にダウンロードして下さい。OneDriveでダウンロードフォルダを同期させていると「C:\Users\XXX\ダウンロード」と日本語になっていることもあるので注意。）
-- SeqKit
+#### SeqKit
  https://bioinf.shenwei.me/seqkit/download/
@@ 行 102: / 行 104: @@
 ```
-- BLAST
+#### BLAST
  https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.16.0/
@@ 行 117: / 行 119: @@
 ```
-- FastQC
+#### FastQC
  https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc
@@ 行 131: / 行 133: @@
  Macは「[[https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.12.1.dmg|FastQC v0.12.1 (Mac DMG image)]]」をダウンロードし、ダブルクリックしてイメージをマウントしておく。
-- Javaランタイム
+#### Javaランタイム
  FastQCを実行するのに必要。https://www.java.com/ja/download/manual.jsp より適切なJavaをインストールする。
@@ 行 139: / 行 141: @@
  {{:pasted:20241029-033133.png}}
-- MEGAN
+#### MEGAN
  http://software-ab.cs.uni-tuebingen.de/download/megan6/welcome.html

2024-メタゲノム・edna.1730295657.txt.gz
最終更新: 2024/10/30 13:40
by suikou