2022_08_25_mitosearchの緯度経度情報取得スクリプト

差分

このページの2つのバージョン間の差分を表示します。

この比較画面へのリンク

2022_08_25_mitosearchの緯度経度情報取得スクリプト [2022/08/25 08:26] – 作成 133.11.50.1632022_08_25_mitosearchの緯度経度情報取得スクリプト [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
行 1: 行 1:
-  #!/bin/bash 
-   
-  while read line 
-  do 
-  id=$line 
-   
-  set +x  
-  a=$(curl https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/`curl "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=$id"|grep SAM|sed 's/SAM/\nSAM/g;'|sed 's/".*//; s/<.*//; s/ .*//'|grep "^SAM"|awk 'NR==1{print $0}'`) 
-  set +o pipefail 
-  lat="$id"$'\t'`echo "$a"|grep -i latitude|sed 's/<[^>]*>/\t/g'|sed 's/\t\+/\n/g'|grep -A 1 lat|tail -n 1`$'\t'`echo "$a"| 
-   grep -i "collection date"|sed 's/<[^>]*>/\t/g'|sed 's/\t\+/\n/g'|grep -A 1 -i "collection date"|tail -n 1` 
-  long="$id"$'\t'`echo "$a"|grep -i longitude|sed 's/<[^>]*>/\t/g'|sed 's/\t\+/\n/g'|grep -A 1 long|tail -n 1`$'\t'`echo "$a"| 
-   grep -i "collection date"|sed 's/<[^>]*>/\t/g'|sed 's/\t\+/\n/g'|grep -A 1 -i "collection date"|tail -n 1` 
-     
-  str=$lat 
-  latitude=(`echo $lat`) 
-  longitude=(`echo $long`) 
-   
-  if [[ $lat == $long ]]; then 
-      : 
-  else 
-      if [ `echo "${latitude[1]} > 0.0" | bc` == 1 ]; then 
-  ${latitude[1]}=${latitude[1]}" N" 
-      else 
-          ${latitude[1]}=`echo ${latitude[1]}| sed 's/^-//'`" S" 
-      fi 
-   
-      if [ `echo "${longitude[1]} > 0.0" | bc` == 1 ]; then 
-  ${longitude[1]}=${longitude[1]}" E" 
-      else 
-  ${longitude[1]}=`echo ${longitude[1]}| sed 's/^-//'`" W" 
-      fi 
-      str=`echo -e ${latitude[0]}'\t'${latitude[1]}" "${longitude[1]}'\t'${latitude[2]}` 
-  fi 
-  set -x 
-   
-  echo -e "$str" 
-   
-   
-  done 
  
  • 2022_08_25_mitosearchの緯度経度情報取得スクリプト.1661415989.txt.gz
  • 最終更新: 2022/08/25 08:26
  • by 133.11.50.163