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-======= 各検索アルゴリズムの検討 ========
-====== blastnを用いた検索 ======
-DBの作成
-  makeblastdb -in SSU_LSU_ITS_mito_plastid.maskadapters.desc.fa -dbtype nucl
-検索
-  time blastn -db SSU_LSU_ITS_mito_plastid.maskadapters.desc.fa -query group4-16S-Sanshiroike2.fasta -num_threads 1 -out group4-16S.fasta.blastn
-    real time: 0:42.16 (42.16 s)
-    system time: 0.35 s
-    user time:40.96 s
-    max memory: 505620 KB
-====== vsearchを用いた検索 ======
-DBファイルのダウンロード
-  scp mizobata.hideaki@m768c.s:/suikou/db/ncbi/2021-12-01_SSU_LSU_ITS_mito_plastid/SSU_LSU_ITS_mito_plastid.maskadapters.desc.fa .
-DBファイルのmakeudb
-  time vsearch -makeudb_usearch SSU_LSU_ITS_mito_plastid.maskadapters.desc.fa -output conbined.udb
-    real time: 1:41.38 (101.38 s)
-    system time: 2.17 s
-    user time:98.97 s
-    max memory: 1381728 KB
-vsearchによるグローバル検索
-  time vsearch --usearch_global 2021nanopore/group4-16S-Sanshiroike2.fasta --db conbined.udb --id 0.7 --blast6out group4-16S-conbined
-    real time: 0:51.12 (51.12 s)
-    system time: 5.07 s
-    user time:579.42 s
-    max memory: 1664640 KB
-Megan用に、拡張子等を書き換える
-  awk -F'\t' '{OFS="\t"; $12=$3; print $0}' group4-16S-conbined > group4-16S-conbined.blastn
-仮想サーバからログアウト
-  exit
-先ほどのファイルをローカルサーバに持ってくる
-  scp -r mizobata@192.168.251.65:/home/mizobata/vsearch/group4-16S-conbined.blastn .
-====== bwaのインストール ======
-bwa用フォルダの作成
-  mkdir analysis
-bwaのダウンロード
-  wget https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.7.17.tar.bz2
-ファイルの解凍
-  bunzip2 bwa-0.7.17.tar.bz2
-  tar xvf bwa-0.7.17.tar
-フォルダの移動
-  cd bwa-0.7.17/
-zlib-develのインストール
-  sudo yum install zlib-devel
-make
-  make
-====== bwaを用いた検索 ======
-DBのダウンロード
-  scp mizobata.hideaki@m768c.s:/suikou/db/ncbi/2021-12-01_SSU_LSU_ITS_mito_plastid/SSU_LSU_ITS_mito_plastid.maskadapters.desc.fa .
-DBのindexing。
--p：アウトプットファイル名の指定。
--a：indexing法の指定。is,bwtswが指定可能。isの方が簡潔で速いが、大容量DBには指定できない。
-  time bwa-0.7.17/bwa index -p ./bwadb -a bwtsw SSU_LSU_ITS_mito_plastid.maskadapters.desc.fa
-    real time: 29:23.56 (1763.56 s)
-    system time: 4.63 s
-    user time:1751.60 s
-    max memory: 2355196 KB
-bwaを用いた検索
-  time bwa-0.7.17/bwa mem bwadb group4-16S-Sanshiroike2.fasta > group4-16S-Sanshiroike2.sam
-    real time: 0:07.43 (7.43 s)
-    system time: 1.45 s
-    user time:4.24 s
-    max memory: 2753976 KB
-Meganで読み込めるよう、awkで改変
-  cat group4-16S.sam|grep -v "^@"|awk '$3!="*" && old!=$1{old=$1; print $0}'|awk '{print $1"\t"$3"\t100\t100\t0\t0\t1\t100\t1\t100\t0\t100"}' > group4-16S.sam.blastn
-ログアウト
-  exit
-先ほどのファイルをローカルへ持ってくる
-  scp -r mizobata@192.168.251.65:/home/mizobata/analysis/group4-16S.sam.blastn .
-====== bwa-mem2のインストール ======
-mem2のダウンロード
-  wget https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2/releases/download/v2.0pre2/bwa-mem2-2.0pre2_x64-linux.tar.bz2
-解凍
-  bunzip2 bwa-mem2-2.0pre2_x64-linux.tar.bz2
-  tar xvf bwa-mem2-2.0pre2_x64-linux.tar
-ディレクトリの変更
-  cd bwa-mem2-2.0pre2_x64-linux/
-実行
-  ./bwa-mem2
-    Please verify that both the operating system and the processor support Intel(R) X87, CMOV, MMX, FXSAVE, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4_1, SSE4_2, MOVBE, POPCNT, F16C, AVX, FMA, BMI, LZCNT and AVX2 instructions.
-⇒このPCではCPUの規格が合わなかった....
-====== Meganを用いた各結果の比較 ======
-. Meganを開く。
-. File ⇒ Import from BLAST
-. Importファイルには検索結果ファイルを指定。FormatはBlastTAB,タイプはBlastN。
-. Taxonomy ⇒ Load MeganMapDB mapping File ⇒ megan-nucl-Jan201.dbを指定し、Apply。
-. 以上を各結果について行う。
-. File ⇒　Compareで対象結果をすべて選択し、比較する。
-bwa(橙),vsearch(青),blastn(桃)の結果比較（Genusレベル）。
-{{ :スクリーンショット_2021-12-28_195627.png |}}