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| 2021_12_28 [2021/12/28 09:32] – [bwaを用いた検索] 133.11.222.89 | 2021_12_28 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
|---|---|---|---|
| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ====== vsearchを用いた検索 ====== | ||
| - | |||
| - | DBファイルのダウンロード | ||
| - | |||
| - | scp mizobata.hideaki@m768c.s:/ | ||
| - | | ||
| - | DBファイルのmakeudb | ||
| - | |||
| - | time vsearch -makeudb_usearch SSU_LSU_ITS_mito_plastid.maskadapters.desc.fa -output conbined.udb | ||
| - | real time: 1:41.38 (101.38 s) | ||
| - | system time: 2.17 s | ||
| - | user time:98.97 s | ||
| - | max memory: 1381728 KB | ||
| - | |||
| - | vsearchによるグローバル検索 | ||
| - | |||
| - | time vsearch --usearch_global 2021nanopore/ | ||
| - | real time: 0:51.12 (51.12 s) | ||
| - | system time: 5.07 s | ||
| - | user time:579.42 s | ||
| - | max memory: 1664640 KB | ||
| - | | ||
| - | Megan用に、拡張子等を書き換える | ||
| - | |||
| - | awk -F' | ||
| - | | ||
| - | 仮想サーバからログアウト | ||
| - | |||
| - | exit | ||
| - | | ||
| - | 先ほどのファイルをローカルサーバに持ってくる | ||
| - | |||
| - | scp -r mizobata@192.168.251.65:/ | ||
| - | | ||
| - | |||
| - | ====== bwaのインストール ====== | ||
| - | |||
| - | bwa用フォルダの作成 | ||
| - | |||
| - | mkdir analysis | ||
| - | | ||
| - | bwaのダウンロード | ||
| - | |||
| - | wget https:// | ||
| - | | ||
| - | ファイルの解凍 | ||
| - | |||
| - | bunzip2 bwa-0.7.17.tar.bz2 | ||
| - | tar xvf bwa-0.7.17.tar | ||
| - | | ||
| - | フォルダの移動 | ||
| - | |||
| - | cd bwa-0.7.17/ | ||
| - | |||
| - | zlib-develのインストール | ||
| - | |||
| - | sudo yum install zlib-devel | ||
| - | | ||
| - | make | ||
| - | |||
| - | make | ||
| - | | ||
| - | ====== bwaを用いた検索 ====== | ||
| - | |||
| - | DBのダウンロード | ||
| - | |||
| - | scp mizobata.hideaki@m768c.s:/ | ||
| - | | ||
| - | DBのindexing。 | ||
| - | |||
| - | -p：アウトプットファイル名の指定。 | ||
| - | |||
| - | -a：indexing法の指定。is, | ||
| - | |||
| - | time bwa-0.7.17/ | ||
| - | real time: 29:23.56 (1763.56 s) | ||
| - | system time: 4.63 s | ||
| - | user time: | ||
| - | max memory: 2355196 KB | ||
| - | |||
| - | bwaを用いた検索 | ||
| - | |||
| - | time bwa-0.7.17/ | ||
| - | real time: 0:07.43 (7.43 s) | ||
| - | system time: 1.45 s | ||
| - | user time:4.24 s | ||
| - | max memory: 2753976 KB | ||
| - | |||
| - | Meganで読み込めるよう、awkで改変 | ||
| - | |||
| - | cat group4-16S.sam|grep -v " | ||
| - | |||
| - | ログアウト | ||
| - | |||
| - | exit | ||
| - | |||
| - | 先ほどのファイルをローカルへ持ってくる | ||
| - | |||
| - | scp -r mizobata@192.168.251.65:/ | ||
| - | |||
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