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| 2021_11_30 [2021/11/30 15:53] – 133.11.222.89 | 2021_11_30 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
|---|---|---|---|
| 行 1: | 行 1: | ||
| - | 通常フォーマットでのblastn | ||
| - | | ||
| - | time blastn -db complete_partial_mitogenomes.fa -query 2021nanopore/ | ||
| - | | ||
| - | 通常フォーマットでのvsearch | ||
| - | |||
| - | time vsearch --usearch_global mitofishsample.fasta --db complete_partial_mitogenomes.udb --id 0.9 --alnout mitofish090 | ||
| - | | ||
| - | 通常フォーマットblastnをmeganに取り込む | ||
| - | |||
| - | {{: | ||
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| - | vsearchでもmeganに取り込もうとしたが、なかなかうまくいかない。usearchについて調べたところ、usearch_grobalによる検索ではmeganに取り込めないらしい。 | ||
| - | |||
| - | usearch_localでのみ取り込めるが、vsearchにはusearch_localに相当する機能がない。vsearchはmeganに利用不可か？ | ||
| - | |||
| - | 32bit版usearch(無料版)をインストールするために、32bitソフトを動作させるためのパッケージを先にインストール | ||
| - | |||
| - | sudo yum install libstdc++.i686 | ||
| - | |||
| - | usearchをダウンロード | ||
| - | |||
| - | wget https:// | ||
| - | | ||
| - | 解凍 | ||
| - | |||
| - | gunzip usearch11.0.667_i86linux32.gz | ||
| - | |||
| - | ファイル名を変更し、簡略化 | ||
| - | |||
| - | mv usearch11.0.667_i86linux32 | ||
| - | | ||
| - | パスが通っているフォルダの確認（左の方が優先度が高い） | ||
| - | |||
| - | echo $PATH | ||
| - | / | ||
| - | | ||
| - | usearchの実行権限を付与 | ||
| - | |||
| - | chmod +x usearch | ||
| - | |||
| - | / | ||
| - | |||
| - | sudo cp usearch / | ||
| - | | ||
| - | usearchを起動 | ||
| - | |||
| - | usearch | ||
| - | usearch v11.0.667_i86linux32, | ||
| - | (C) Copyright 2013-18 Robert C. Edgar, all rights reserved. | ||
| - | https:// | ||
| - | License: personal use only | ||
| - | |||
| - | makeudb(所要時間：64.20秒) | ||
| - | |||
| - | time usearch -makeudb_usearch complete_partial_mitogenomes.fa -output complete_partial_mitogenomes.udb | ||
| - | | ||
| - | makeudbを用いず検索（bad databaseとエラーが出るので） | ||
| - | |||
| - | time usearch -search_local 2021nanopore/ | ||
| - | | 00:04 738Mb | ||
| - | | 00:13 704Mb | ||
| - | | | ||
| - | | | ||
| - | | usearch -search_local 2021nanopore/ | ||
| - | | | ||
| - | | ---Fatal error--- | ||
| - | | Must specify -strand plus or both with nt db | ||
| - | | real time: 0:13.24 (13.24 s) | ||
| - | | system time: 0.75 s | ||
| - | | user time:12.48 s | ||
| - | | max memory: 717016 KB | ||
| - | |||
| - | vsearchで1クエリーに対するヒット件数を複数（今回は100）にする | ||
| - | |||
| - | time vsearch --usearch_global 2021nanopore/ | ||
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