2021_01_11

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2021_01_11 [2022/01/11 13:18] – 作成 133.11.222.892021_01_11 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
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-====== 各検索アルゴリズムの検討② ====== 
- 
-===== SNAP-ALIGNER ===== 
- 
-ダウンロード 
- 
-  git clone https://github.com/amplab/snap 
-   
-ディレクトリの移動 
- 
-  cd snap 
-   
-make 
- 
-  make 
-   
-DBのindexing 
- 
-  time ./snap-aligner index ~/vsearch/SSU_LSU_ITS_mito_plastid.maskadapters.desc.fa ./ 
-  real time: 7:48.83 (468.83 s) 
-  system time: 32.05 s 
-  user time:2202.93 s 
-   
-searching 
- 
-  time ./snap-aligner single ./ ../2021nanopore/group4-16S-Sanshiroike2.fq -o snap_output.sam 
-    Saw a read of length 1479 while SNAP is compiled with a maximum length of 400. Please use smaller reads or change the value of  
-    MAX_READ_LENGTH in SNAPLib/Read.h and recompile SNAP.  Read ID: ca774c43-a3b1-4391-b2cf-a56ea4a14f13:33:1511:-1:27F-BC2:1492R 
-    SNAP exited with exit code 1 from line 427 of file SNAPLib/Read.h 
- 
-⇒400bp以上のリードをアラインできないような設定になっていた。定義ファイルを書き換え、より長いリードでもアライン可能にする。 
- 
-  nano SNAPLib/Read.h 
-   
-  #define MAX_READ_LENGTH 400 
-   
-を 
- 
-  #define MAX_READ_LENGTH 40000 
-   
-に書き換え。 
- 
-再度makeしなおす。 
- 
-  make clean 
-  make 
-   
-indexも作り直す。 
- 
-  time ./snap-aligner index ~/vsearch/SSU_LSU_ITS_mito_plastid.maskadapters.desc.fa ./ 
-    real time: 7:58.83 (478.83 s) 
-    system time: 34.59 s 
-    user time:2306.29 s 
-    max memory: 29161104 KB 
-     
-再検索 
- 
-  time ./snap-aligner single ./ ../2021nanopore/group4-16S-Sanshiroike2.fq -o snap_output.sam 
-    real time: 0:15.37 (15.37 s) 
-    system time: 5.38 s 
-    user time:2.07 s 
-    max memory: 12272472 KB 
-     
-高速で終了したが、検索では1件もヒットしなかった。⇒nanoporeのデータではエラーが多いため？ 
- 
-Illuminaのデータをダウンロード 
- 
-  cd .. 
-  wget http://marine-meta.healthscience.sci.waseda.ac.jp/omd/crest4/fastq/120304_AlnA4_10m_02-08.zip 
-  unzip unzip 120304_AlnA4_10m_02-08.zip 
-   
-再検索 
- 
-  time ./snap-aligner single ./ ../120304_AlnA4_10m_02-08_1.fastq -o snap_output.sam 
-    Welcome to SNAP version 2.0.0. 
-    Loading index from directory... 44s.  1914206220 bases, seed size 24 
-    Aligning. 
-    validateCigarString: saw consecutive ops of the same type 'S' here '57S' in overall cigar '44S57S' 
-    SNAP exited with exit code 1 from line 2788 of file SNAPLib/SAM.cpp 
-    real time: 0:46.34 (46.34 s) 
-    system time: 12.84 s 
-    user time:2.35 s 
-    max memory: 7574556 KB 
-   
-⇒snap-alignerのバグ？エラー内容や原因もよくわからないし、snap-alignerは不採用。 
  
  • 2021_01_11.1641907113.txt.gz
  • 最終更新: 2022/01/11 13:18
  • by 133.11.222.89