差分

このページの2つのバージョン間の差分を表示します。

--- 20211012 [2021/10/12 09:05] – 133.11.144.10
+++ 20211012 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
@@ 行 1: / 行 1: @@
-====== 20211012 ======
-===== MetaSearch修正 =====
-以下の修正
-①Kronaのグラフ作成のコードの冗長性を排除
- metasearch_exec.shの中でのKronaグラフの作成をfor文で回すことで冗長性を排除。
-②以下の要望を受けて修正
-''追加で要望なのですが、今は各サンプルでトップ10のものだけ表示にしてもらっていますが、多様性の高いサンプルだとこれでは半分以上がOthersでまとめられてしまうこともあるので、トップ100まで表示するように変更して頂けますでしょうか？''
-こちらの仕様を追加するためにcreate_graph.pyを修正。
-===== 魚種組成の取得 =====
-==== サーバでのデータの受け取り ====
-req.bodyにデータが格納される。
-    let capturedSampleList = req.body['capturedSampleList[]']
-==== 同期的にファイルを読み込む ====
-同期的にファイルを読み込むには、fs.readFileSyncメソッドを使う。readFileだと非同期的にファイルを読み込むので、読み込み後に行いたい処理を先に行ってしまう。
-    capturedSampleList.forEach(sample => {
-        sampleData = fs.readFileSync("inputFiles_with_japanesename/" + sample + ".mitodb.withJapaneseName.input", "utf-8");
-        sampleList = sampleData.split("\n");
-        for (let i = 1; i < sampleList.length; i++) {
-            fishData = sampleList[i].split("\t");
-            if (fishData[0] in fish_comp) {
-                fish_comp[fishData[0]] += parseInt(fishData[1]);
-            } else {
-                fish_comp[fishData[0]] = parseInt(fishData[1]);
-            }
-        };
-    });
-これで魚種組成を取得できる。
-==== 参考にしたサイト ====
-[[https://qiita.com/shirokuman/items/509b159bf4b8dd1c41ef]]
-[[https://qiita.com/am_/items/6a87a5dbf6d4ab328da3]]
-===== Tile Serverを起動して、タイルファイルのダウンロード =====
-OpenStreetMapで地図の情報はPBFフォーマットという形式で保存されていて、それの一括ダウンロードは可能。
-[[https://download.geofabrik.de/]]
-そして、PBFから画像を取得するには、どうやらspecial softwareが必要みたいで、幾つか選択肢が書かれている。
-[[https://www.geofabrik.de/data/download.html]]
-一番今の実装に近いのは、Tile serversを構築することかなと思いました。具体的には下記のdockerを使えば、簡単にセットアップできそうな感じはしました。\\
-[[https://switch2osm.org/serving-tiles/using-a-docker-container/]]
-上記ページに、
-http://your.server.ip.address/tile/0/0/0.png
-で地図が取れるよ、と書いていて、今の伊藤くんがajaxで取得しているパスと一緒なのではないでしょうか？
-==== 地図データのダウンロード ====
-OSMの地図データ(PBF形式)をダウンロード。[[https://download.geofabrik.de/]] からデータを選んであげればよい。
-    wget https://download.geofabrik.de/africa/zambia-latest.osm.pbf
-==== Tile Serverの起動 ====
-ボリュームを作成
-    docker volume create openstreetmap-data
-インストールとImport
-    docker run -v /home/renderaccount/zambia-latest.osm.pbf:/data.osm.pbf -v openstreetmap-data:/var/lib/postgresql/12/main overv/openstreetmap-tile-server:1.3.10 import