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-====== 20210826 ======
-===== データのバックアップ =====
-  * node.jsのファイル群 ⇒ ローカルにファイルが存在
-  * node.js以外のファイル群 ⇒ m208サーバの/home/ito.takumi/work/metasearch/script\_backup に保存
-  * 以下のGitHubリポジトリに保存。[[https://github.com/itotaku1225/Metasearch/tree/master/metasearch_dev]]
-===== Yahooメールアドレスの設定更新 =====
-MetaSearchを実行したところ、メール配信用のスクリプトが実行されなかった。以下のエラーを確認。
-    Traceback (most recent call last):
-      File "script/send_mail.py", line 38, in <module>
-        send_mail("Your analysis finished", message, email)
-      File "script/send_mail.py", line 23, in send_mail
-        smtp.login(sender_name, passwd)
-      File "/opt/rh/rh-python38/root/usr/lib64/python3.8/smtplib.py", line 723, in login
-        (code, resp) = self.auth(
-      File "/opt/rh/rh-python38/root/usr/lib64/python3.8/smtplib.py", line 635, in auth
-        (code, resp) = self.docmd("AUTH", mechanism + " " + response)
-      File "/opt/rh/rh-python38/root/usr/lib64/python3.8/smtplib.py", line 425, in docmd
-        return self.getreply()
-      File "/opt/rh/rh-python38/root/usr/lib64/python3.8/smtplib.py", line 398, in getreply
-        raise SMTPServerDisconnected("Connection unexpectedly closed")
-    smtplib.SMTPServerDisconnected: Connection unexpectedly closed
-以下の設定を変更することで問題なくメールを送信することができるようになった。
-「メール受信箱」⇒「設定・利用規約」⇒「メールの設定」⇒「IMAP/POP/SMTPアクセスとメール転送」⇒「Yahoo! JAPAN公式サービス以外からのアクセスも有効にする」⇒「IMAP」、「POP」、「SMTP」全てを有効にする。
-===== NtデータベースとMitoFishデータベースでの生物種の比較 =====
-/10に作成したTaxanomy IDから生物種に変換するスクリプトの結果ファイルから、硬骨魚類(Teleostomi),軟骨魚類(Chondrichthyes)のみを抽出し、差集合を取ることで、各データベース固有の生物種を探索した。
-/home/ito.takumi/work/mitosearch/test\_data/compare/script/get\_onlyNtHit.sh を実行し、硬骨魚類、軟骨魚類の抽出と生物種のダブりを排除した。
-    bash script/get_onlyNtHit.sh DRR205394(IDを入れる)
-get_onlyNtHit.sh
-    ID=$1
-    grep "root;cellular organisms;Eukaryota;Opisthokonta;Metazoa;Eumetazoa;Bilateria;Deuterostomia;Chordata;Craniata;Vertebrata;Gnathostomata;Teleostomi" only_nt_hit/${ID}_species_mitodb.txt |uniq >> only_nt_hit/${ID}_species_mitodb_fish_uniq.txt
-    grep "root;cellular organisms;Eukaryota;Opisthokonta;Metazoa;Eumetazoa;Bilateria;Deuterostomia;Chordata;Craniata;Vertebrata;Gnathostomata;Chondrichthyes;" only_nt_hit/${ID}_species_mitodb.txt |uniq >> only_nt_hit/${ID}_species_mitodb_fish_uniq.txt
-    grep "root;cellular organisms;Eukaryota;Opisthokonta;Metazoa;Eumetazoa;Bilateria;Deuterostomia;Chordata;Craniata;Vertebrata;Gnathostomata;Teleostomi" only_nt_hit/${ID}_species_nt.txt |grep -v "root;cellular organisms;Eukaryota;Opisthokonta;Metazoa;Eumetazoa;Bilateria;Deuterostomia;Chordata;Craniata;Vertebrata;Gnathostomata;Teleostomi;Euteleostomi;Sarcopterygii;"| uniq >> only_nt_hit/${ID}_species_nt_fish_uniq.txt
-    grep "root;cellular organisms;Eukaryota;Opisthokonta;Metazoa;Eumetazoa;Bilateria;Deuterostomia;Chordata;Craniata;Vertebrata;Gnathostomata;Chondrichthyes;" only_nt_hit/${ID}_species_nt.txt |uniq >> only_nt_hit/${ID}_species_nt_fish_uniq.txt
-  * TeleostomiだけでGrepしてしまうと、たまたま名前が一致するものも抽出してしまうので、Taxanomyのrootからgrepを行う。
-  * Teleostomi以下には哺乳類なども含まれるので、これらを除去してあげる必要がある。(grep -v　で哺乳類のタクソノミーを除去)
-次に/home/ito.takumi/work/mitosearch/test\_data/compare/script/get\_onlyNtHit.py を実行し、片方のデータベースのみに存在する生物種を取得。
-    python script/get_\onlyNtHit.py DRR075196
-get\_onlyNtHit.py
-    import sys
-    def main():
-        srrid = sys.argv[1]
-        mito_f = open("only_nt_hit/" + srrid + "_species_mitodb_fish_uniq.txt")
-        nt_f = open("only_nt_hit/" + srrid + "_species_nt_fish_uniq.txt")
-        mito_rowList = mito_f.readlines()
-        nt_rowList = nt_f.readlines()
-        mito_rowList = set(mito_rowList)
-        nt_rowList = set(nt_rowList)
-        diff_onlyMitoDB = mito_rowList - nt_rowList
-        diff_onlyNt = nt_rowList - mito_rowList
-        mito_w = open("only_nt_hit/" + srrid + "_only_mitodb.txt","w")
-        nt_w = open("only_nt_hit/" + srrid + "_only_nt.txt","w")
-        for living in diff_onlyMitoDB:
-            mito_w.write(living)
-        for living in diff_onlyNt:
-            nt_w.write(living)
-        mito_f.close()
-        nt_f.close()
-        mito_w.close()
-        nt_w.close()
-    if __name__ == "__main__":
-        main()