| 両方とも前のリビジョン 前のリビジョン | |
| 20210810 [2021/08/10 08:14] – 133.11.144.10 | 20210810 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 |
|---|
| ====== 20210810 ====== | |
| |
| ===== TaxonomyIDから種名への変換 ===== | |
| |
| /suikou/db/ncbi/2021-06-01_taxdump/names.dmp.sname.path を使って変換することができる。 | |
| |
| ===== AccessionIDからTaxanomyIDへの変換 ===== | |
| |
| /suikou/files/m208/ito.takumi/work/db/20210810_nucl_gb.accession2taxid/nucl_gb.accession2taxid で変換。 | |
| |
| https://www.uppmax.uu.se/resurser/databases/ncbi-taxonomy-databases/ からダウンロード＆解凍。 | |
| |
| ===== MitoFish DBのBLAST検索結果を生物種に変換 ===== | |
| |
| 参考にしたサイト | |
| |
| awkコマンドを用いて指定列を特定のキーワードで検索する：[[https://www.mtioutput.com/entry/2017/08/11/162306]] | |
| |
| bashでパイプ(標準入力)から受け付けた内容を変数に代入する：[[https://orebibou.com/ja/home/201708/20170806_001/]] | |
| |
| 以下のスクリプトで変換できる。 | |
| |
| /home/ito.takumi/work/mitosearch/test_data/compare/script/species_mitodb.sh | |
| |
| ID=$1 | |
| | |
| for accessionID in `cat /suikou/files/m768b/ito.takumi/work/mitosearch/create_input/tmp/${ID}/blast.mitodb.filtered.result | cut -f 16|cut -f 2 -d "|"`; do awk -v accessionID=${accessionID} '{if($1==accessionID){print $0}}' /suikou/files/m208/ito.takumi/work/db/20210810_nucl_gb.accession2taxid/nucl_gb.accession2taxid |cut -f 3 |awk -v taxID=$(cat) '{if($1==taxID){print $0}}' /suikou/db/ncbi/2021-06-01_taxdump/names.dmp.sname.path |cut -f 2 >> /suikou/files/m208/ito.takumi/work/mitosearch/test_data/compare/only_nt_hit/${ID}_species_mitodb.txt ; done | |
| |
| cat /suikou/files/m768b/ito.takumi/work/mitosearch/create_input/tmp/${ID}/blast.mitodb.filtered.result | cut -f 16|cut -f 2 -d "|" | |
| |
| でAccessionIDを取得。 | |
| |
| awk -v accessionID=${accessionID} '{if($1==accessionID){print $0}}' /suikou/files/m208/ito.takumi/work/db/20210810_nucl_gb.accession2taxid/nucl_gb.accession2taxid |cut -f 3 | |
| |
| でAccessionIDをTaxanomyIDに変換。 | |
| |
| awk -v taxID=$(cat) '{if($1==taxID){print $0}}' /suikou/db/ncbi/2021-06-01_taxdump/names.dmp.sname.path |cut -f 2 | |
| |
| でTaxanomyIDから種名に変換。 | |
| |
| ===== Nt DBのBLAST検索結果を種名に変換 ===== | |
| |
| /home/ito.takumi/work/mitosearch/test_data/compare/script/species_nt.sh | |
| |
| ID=$1 | |
| for taxID in `cat /suikou/files/m768b/ito.takumi/work/mitosearch/create_input/tmp/${ID}/blast.nt.filtered.result |cut -f 15` ;do awk -v taxID=${taxID} '{if($1==taxID){print $0}}' /suikou/db/ncbi/2021-06-01_taxdump/names.dmp.sname.path |cut -f 2 >> /suikou/files/m208/ito.takumi/work/mitosearch/test_data/compare/only_nt_hit/${ID}_species_nt.txt; done | |
| |
| BLAST検索結果からTaxanomyIDがわかるので、種名に変換する。 | |
| |
| ===== 次回やること ===== | |
| |
| ・Ntデータベースの種名一覧に関しては、硬骨魚類、軟骨魚類のみを抽出。 | |
| |
| ・Ntのみに存在する種のみを抽出。 | |
| |