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| 20210810 [2021/08/10 07:27] – 133.11.144.10 | 20210810 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 |
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| ====== 20210810 ====== | |
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| ===== TaxonomyIDから種名への変換 ===== | |
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| /suikou/db/ncbi/2021-06-01_taxdump/names.dmp.sname.path を使って変換することができる。 | |
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| ===== AccessionIDからTaxanomyIDへの変換 ===== | |
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| /suikou/files/m208/ito.takumi/work/db/20210810_nucl_gb.accession2taxid/nucl_gb.accession2taxid で変換。 | |
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| https://www.uppmax.uu.se/resurser/databases/ncbi-taxonomy-databases/ からダウンロード＆解凍。 | |
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| ===== MitoFish DBのBLAST検索結果を生物種に変換 ===== | |
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| 以下のスクリプトで変換できる。 | |
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| /home/ito.takumi/work/mitosearch/test_data/compare/script/species_mitodb.sh | |
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| ID=$1 | |
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| for accessionID in `cat /suikou/files/m768b/ito.takumi/work/mitosearch/create_input/tmp/${ID}/blast.mitodb.filtered.result | cut -f 16|cut -f 2 -d "|"`; do awk -v accessionID=${accessionID} '{if($1==accessionID){print $0}}' /suikou/files/m208/ito.takumi/work/db/20210810_nucl_gb.accession2taxid/nucl_gb.accession2taxid |cut -f 3 |awk -v taxID=$(cat) '{if($1==taxID){print $0}}' /suikou/db/ncbi/2021-06-01_taxdump/names.dmp.sname.path |cut -f 2 >> /suikou/files/m208/ito.takumi/work/mitosearch/test_data/compare/only_nt_hit/${ID}_species_mitodb.txt ; done | |
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