20210804

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20210804 [2021/08/04 05:44] – 133.11.144.1020210804 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
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-====== 20210804 ====== 
- 
-===== MitoFishDBに2つ以上ヒットしている、ntデータベースのデータの確認 ===== 
- 
-pandasを主に使用。以下のリンクを参考にした。 
- 
-pandasのデータフレームに対してループ処理：[[https://note.nkmk.me/python-pandas-dataframe-for-iteration/]] 
- 
-pandasのデータフレームに対してIndexを振り直す：[[https://note.nkmk.me/python-pandas-reset-index/]] 
- 
-pandasのデータフレームをソート：[[https://note.nkmk.me/python-pandas-sort-values-sort-index/]] 
- 
-/home/ito.takumi/work/mitosearch/test_data/compare にて、script/db\_err.py を実行。compare_data/ID_compare.diff.txt を出力。 
- 
-script/db_err.py 
- 
-    import sys 
-    import pandas as pd 
-     
-    def main(): 
-        srrID = sys.argv[1] 
-        inputFilePath = "compare_data/" + srrID + "_compare_matrix.filtered.tsv" 
-        outputFilePath = "compare_data/" + srrID + "_compare.diff.txt" 
-        out_f = open(outputFilePath,"w") 
-        try: 
-            df = pd.read_table(inputFilePath) 
-            df_copy = df.copy() 
-            df_copy = df_copy.drop(df.columns[0],axis=1) 
-     
-            for columnName, item in df_copy.iteritems(): 
-                try: 
-                    column_sorted = item.sort_values(ascending=False) 
-                    column_sorted_resetIndex = column_sorted.reset_index(drop=True) 
-                    top_hit = column_sorted_resetIndex[0] 
-                    second_hit = column_sorted_resetIndex[1] 
-                    if second_hit == 0: 
-                        pass 
-                    else: 
-                        row = srrID + "\t" + columnName + "\t" + str(top_hit) + "\t" + str(second_hit) 
-                        out_f.write(row + "\n") 
-                except: 
-                    pass 
-        except: 
-            pass 
-        out_f.close() 
-    if __name__ == "__main__": 
-        main() 
- 
  
  • 20210804.1628055893.txt.gz
  • 最終更新: 2021/08/04 05:44
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