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| 20210729 [2021/07/29 06:37] – 133.11.144.10 | 20210729 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
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| - | ====== 20210729 ====== | ||
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| - | ===== ntデータベースにBLAST検索した時に魚類以外にヒットする問題に関して ===== | ||
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| - | * ntデータベースにBLAST検索をかけて作成したInputファイルの上位にオオカミ(Canis lupus), | ||
| - | * 可能性として、アダプタープライマーがシーケンスで読まれており、同じアダプターを使用したサンプルはntデータベース上でヒットしている可能性がある。 | ||
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| - | ==== アダプタープライマー配列へのBLAST検索 ==== | ||
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| - | MiFishの論文([[https:// | ||
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| - | BLASTデータベース作成 | ||
| - | makeblastdb -in adapters.fa -dbtype nucl | ||
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| - | 魚類以外にヒットしたリードからヒットした配列のみを抽出する方法 | ||
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| - | 1.魚類以外にヒットしたリードからヒットしたリード名とヒットした場所を調べる。 | ||
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| - | cat / | ||
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| - | 上記コマンドから1列目(Ex.DRR159194.100)と9列目、10列目(Ex.23 50)を調べる。 | ||
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| - | 2.samtoolsを使って、ヒット箇所の配列を取得。 | ||
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| - | samtools faidx / | ||
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