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-====== 20210624 ======
-====== 内部スクリプトの作成 ======
-===== Flashの使い方 =====
-こちらのページを参考にした。[[https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/12/01/103758]]
-==== Flashとは ====
-ペアエンドリード間の正確なオーバーラップを検出し、それらをつなぎ合わせてリードを拡張するソフトウェアツール（Paired-end read assembly）
-==== Paired-end read assemblyとは ====
-Paired-end read assemblyというのは、MiFishプライマーで増幅されるのはせいぜい２００塩基程度だが、HISeqなどで読むと、片側１５０塩基のペアエンドデータが得られるので、パラメータによりますが２０〜３０塩基以上重なる領域があれば、ペアエンドをつなげて一本のシングルエンドにしてしまうこと
-==== コマンド ====
-以下のコマンドを実行することでPaired-end read assemblyが実行できる。
-    flash pair1.fq(.gz) pair2.fq(.gz)
-マージされたシーケンスデータは ''out.extendedFrags.fastq'' に出力される。
-また''-d''オプションを使用することで出力先のディレクトリを指定できる。
-    flash pair1.fq(.gz) pair2.fq(.gz) -d dir/
-gz圧縮されたファイルもそのまま使用することができるが、出力はfastq形式(解凍された状態)になる。
-==== オーバーラップのサイズのパラメータの設定 ====
-''-M'' オプションを使うことでMaxのオーバーラップのサイズ、''-m'' オプションを使うことでMinのオーバーラップのサイズを指定することができる。
-MiFishプライマーで増幅されるのはせいぜい200塩基程度、HISeqなどで読むと、片側150塩基のペアエンドデータが得られることからオーバーラップは100塩基程度と想定される。
-今回はMinのオーバーラップのサイズはデフォルトの10塩基、Maxのオーバーラップのサイズは300塩基で指定した。
-    flash pair1.fq(.gz) pair2.fq(.gz) -d dir/　-M 300
-===== Fastqファイル⇒Fastaファイルへの変換 =====
-こちらのページを参照[[https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/06/19/134451]]
-    awk '(NR - 1) % 4 < 2' test.fq | sed 's/@/>/' > test.fa
-===== BLAST検索 =====
-変換したFastaファイルをntデータベースとMitoFishデータベースに対してBLAST検索を行う。
-ntデータベースは''/suikou/db/ncbi/2021-05-24_nt_v5_formal/nt'' に存在。(''-db''オプションで左のPathを指定すれば良い)
-MitoFishデータベースは自分でダウンロードする必要がある。
-===== inputファイル作成 =====
-blastの検索結果から、各リードでトップヒットしたアセッションIDを集計していく。
-このアセッションIDに対応する生物種を ''/suikou/db/ncbi/2021-06-01_taxdump/names.dmp'' から取得する。
-対応するタクソノミーを ''/suikou/db/ncbi/2021-06-01_taxdump/nodes.dmp'' から取得する。
-これらの情報を元にInputファイルを作成。
-このスクリプトは吉武先生が作成。
-====== Leafletで4隅の緯度経度を取得 ======
-==== 4隅の緯度経度の取得 ====
-''getbound()メソッド'' で取得可能。
-    var bounds = mymap.getBounds();
-    var north = bounds._northEast.lat;
-    var south = bounds._southWest.lat;
-    var east = bounds._northEast.lng;
-    var west = bounds._southWest.lng;
-==== 地図移動・拡大・縮小のイベントを取得 ====
-''move''イベントを''on''メソッドで取得すればよい。
-    mymap.on("move", e => {
-        イベント発生時に実行したい関数
-    });
-==== マップの移動・拡大・縮小時に4隅の緯度経度を取得 ====
-こちらを参照[[https://leafletjs.com/reference-1.6.0.html#map-example]]
-    mymap.on("move", e => {
-            // console.log("moved");
-            var bounds = mymap.getBounds();
-            var north = bounds._northEast.lat;
-            var south = bounds._southWest.lat;
-            var east = bounds._northEast.lng;
-            var west = bounds._southWest.lng;
-            markerList.forEach(marker => {
-                if (south<marker.pos[0] && marker.pos[0]<north){
-                    if (west<marker.pos[1] && marker.pos[1]<east){
-                        console.log(marker.name);
-                    }
-                }
-            })
-    });
-===== 地理院タイルについて =====
-こちらを参照[[https://maps.gsi.go.jp/development/siyou.html]]
-===== タイルファイルのダウンロード =====
-==== OMSのダウンロード ====
-[[http://iinpht.jeez.jp/map/osmtile]]を参照
-以下のサイトからダウンロード用のPerlスクリプトをダウンロード[[https://metacpan.org/dist/Geo-OSM-Tiles/source/downloadosmtiles.pl]]
-実行すると次のようなエラー
-    Can't locate Geo/OSM/Tiles.pm in @INC (you may need to install the Geo::OSM::Tiles module) (@INC contains: /etc/perl /usr/local/lib/perl/5.18.2 /usr/local/share/perl/5.18.2 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.18 /usr/share/perl/5.18 /usr/local/lib/site_perl .) at downloadosmtiles.pl line 6.
-BEGIN failed--compilation aborted at downloadosmtiles.pl line 6.
-以下のサイトを参考にCPAN経由で[[https://www.movabletype.jp/documentation/mt7/appendices/install-perl-modules/]]