20210624 [講義ノート]

20210624

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-====== 20210624 ======
-====== 内部スクリプトの作成 ======
-===== Flashの使い方 =====
-こちらのページを参考にした。[[https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/12/01/103758]]
-==== Flashとは ====
-ペアエンドリード間の正確なオーバーラップを検出し、それらをつなぎ合わせてリードを拡張するソフトウェアツール（Paired-end read assembly）
-==== Paired-end read assemblyとは ====
-Paired-end read assemblyというのは、MiFishプライマーで増幅されるのはせいぜい２００塩基程度だが、HISeqなどで読むと、片側１５０塩基のペアエンドデータが得られるので、パラメータによりますが２０〜３０塩基以上重なる領域があれば、ペアエンドをつなげて一本のシングルエンドにしてしまうこと
-==== コマンド ====
-以下のコマンドを実行することでPaired-end read assemblyが実行できる。
-    flash pair1.fq(.gz) pair2.fq(.gz)
-マージされたシーケンスデータは ''out.extendedFrags.fastq'' に出力される。
-また''-d''オプションを使用することで出力先のディレクトリを指定できる。
-    flash pair1.fq(.gz) pair2.fq(.gz) -d dir/
-gz圧縮されたファイルもそのまま使用することができるが、出力はfastq形式(解凍された状態)になる。
-==== オーバーラップのサイズのパラメータの設定 ====
-''-M'' オプションを使うことでMaxのオーバーラップのサイズ、''-m'' オプションを使うことでMinのオーバーラップのサイズを指定することができる。
-MiFishプライマーで増幅されるのはせいぜい200塩基程度、HISeqなどで読むと、片側150塩基のペアエンドデータが得られることからオーバーラップは100塩基程度と想定される。
-今回はMinのオーバーラップのサイズはデフォルトの10塩基、Maxのオーバーラップのサイズは300塩基で指定した。
-    flash pair1.fq(.gz) pair2.fq(.gz) -d dir/　-M 300
-===== Fastqファイル⇒Fastaファイルへの変換 =====
-こちらのページを参照[[https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/06/19/134451]]
-    awk '(NR - 1) % 4 < 2' test.fq | sed 's/@/>/' > test.fa
-===== BLAST検索 =====
-変換したFastaファイルをntデータベースとMitoFishデータベースに対してBLAST検索を行う。
-ntデータベースは''/suikou/db/ncbi/2021-05-24_nt_v5_formal/nt'' に存在。(''-db''オプションで左のPathを指定すれば良い)
-MitoFishデータベースは自分でダウンロードする必要がある。
-===== inputファイル作成 =====
-blastの検索結果から、各リードでトップヒットしたアセッションIDを集計していく。
-このアセッションIDに対応する生物種を ''/suikou/db/ncbi/2021-06-01_taxdump/names.dmp'' から取得する。
-対応するタクソノミーを ''/suikou/db/ncbi/2021-06-01_taxdump/nodes.dmp'' から取得する。
-これらの情報を元にInputファイルを作成。
-このスクリプトは吉武先生が作成。

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最終更新: 2021/06/24 05:26
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