20210415

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-====== 20210415 ====== 
- 
-===== GmailのSMTPサーバを利用して、メール送信 ===== 
- 
-[[https://qiita.com/zaburo/items/a6244d32ce5f5fe2c3d1]] 
- 
-これを参考にやればできそう。パスワードの発行などの話があるので吉武先生に確認してから進める。 
- 
- 
-===== Google Chart API を使って円グラフを作成 ===== 
-[[https://developers-dot-devsite-v2-prod.appspot.com/chart/interactive/docs/gallery/piechart.html]] 
-  * ''<script src="https://www.gstatic.com/charts/loader.js"></script>''でGoogle Chart APIを読み込む 
-  * ブラウザ上でグラフを書く関数を作成(以下は関数の中身) 
-  * ''google.charts.load('current', {packages: ['corechart']});'' :パッケージをロードする 
-  * ''google.charts.setOnLoadCallback(drawChart);'' :コールバック関数の登録 
-  * コールバック関数を実装する 
-  * ''var data = new google.visualization.arrayToDataTable([])''の引数にリストでHeaderや値を入れていく 
-  * オプションはオブジェクトで作成 
-  * ''var chart = new google.visualization.PieChart(document.getElementById('target'));'' :描画用インスタンスの生成  
-  * ''chart.draw(data, options);'' :描画メソッドの呼び出し 
- 
-chart.html 
- 
-  <!DOCTYPE html> 
-  <html lang="ja"> 
-  <head> 
-    <meta charset="utf-8"> 
-    <title>Google Chart</title> 
-    <script src="https://www.gstatic.com/charts/loader.js"></script> 
-  </head> 
-  <body> 
-    <div id="target"></div> 
-    <script> 
-      (function() { 
-        'use strict'; 
-          // パッケージのロード 
-          google.charts.load('current', {packages: ['corechart']}); 
-          // コールバックの登録 
-          google.charts.setOnLoadCallback(drawChart); 
-          // コールバック関数の実装 
-          function drawChart() { 
-              // データの準備 
-              var data = new google.visualization.arrayToDataTable([ 
-                  ['id', 'match'], 
-                  ["root;Bacteria;Firmicutes;Bacilli;Lactobacillales;Lactobacillaceae;Lactobacillus", 7835], 
-                  ["root;Bacteria;Firmicutes;Bacilli;Lactobacillales;Streptococcaceae;Streptococcus", 919], 
-                  ["root;Bacteria", 118], 
-                  ["root;Bacteria;Firmicutes;Clostridia;Clostridiales;Clostridiales vadinBB60 group;uncultured bacterium", 97], 
-                  ["root;Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Betaproteobacteriales;Burkholderiaceae;Cupriavidus",  77], 
-                  ["root;Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Betaproteobacteriales;Burkholderiaceae;Curvibacter;uncultured Curvibacter sp.",  72], 
-                  ["root;Bacteria;Actinobacteria;Acidimicrobiia;Microtrichales;uncultured",  64], 
-                  ["root;Bacteria;Bacteroidetes;Bacteroidia;Bacteroidales;Muribaculaceae",  63], 
-                  ["root;Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Pseudomonadales;Pseudomonadaceae",  61], 
-                  ["root;Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria;Pseudomonadales;Moraxellaceae;Acinetobacter",  47], 
-              ]); 
-              // オプションの準備 
-              var options = { 
-                  title: 'Top 10 hit', 
-                  width: 500, 
-                  height: 300 
-              }; 
-              // 描画用インスタンスの生成および描画メソッドの呼び出し 
-              var chart = new google.visualization.PieChart(document.getElementById('target')); 
-              chart.draw(data, options); 
-          } 
-      })(); 
-    </script> 
-  </body> 
-  </html> 
-   
-作成されたグラフ 
- 
-{{::スクリーンショット_2021-04-15_125335.png?direct&600|}} 
- 
- 
-===== グラフを表示するHTMLファイルの作成スクリプト ===== 
-create_graphs.py 
- 
-  def create_graph(result_f_name): 
-    #引数:ファイルを取得 
-    result_f_name_header = result_f_name.replace(".result","").replace(".gz","") 
-    result_f = open(result_f_name) 
-    #templateファイルの中身を取得 
-    header_template = open("templates/graph_header.html") 
-    footer_template = open("templates/graph_footer.html") 
-    html_header = header_template.read() 
-    html_footer = footer_template.read() 
-    rows_list = result_f.readlines() 
-    for row in rows_list: 
-        #各行からIDだけを取得    
-        srr_id = row.split()[0] 
-        srr_id = srr_id.replace(".fastq","") 
-        #srrIDにヒットするもののトップ10を取得する 
-        cmd = ["bash", "search_topHit.sh", srr_id] 
-        res = subprocess.check_output(cmd).decode().split("\n") 
-        print(res) 
-    header_template.close() 
-    footer_template.close() 
- 
-===== python3環境だけを実現するコンテナの実装 ===== 
- 
-  * centos/python-38-centos7のDockerイメージをsingularityイメージファイルに変換(学生実験用サーバ) 
-  * m50v251n3の/home/yoshitake/Ito/test/python3_env.sifとして転送 
-  * 以後はスクリプトなどはコンテナ内に含めずPythonの実行環境のみSingularityコンテナを使用(毎回Dockerコンテナにファイルをコピーするのは大変なので!) 
-  * ''/home/yoshitake/tool/singularity-3.5.2/bin/singularity exec --bind /home/yoshitake/yoshitake/db/:/home/yoshitake/yoshitake/db/ --bind $PWD:$PWD -W $PWD ~/Ito/test/python3_env.sif python create_pages.py 1037294fa7c2752b72507c9ff46c9c58.gz.result''  
- 
-あああ 
- 
-===== 次回やること ===== 
- 
-  * グラフ表示HTMLファイル生成スクリプトの続き 
-  * script_exec.shをpythonの実行環境のみSingularityコンテナを利用するように変更 
-  * Yahooメール作成、Yahooのメールサーバから送信[[https://maywork.net/computer/python-yahoo-send-mail/]] 
-  * 作ったアカウントはここに記録[[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=%E5%90%84%E7%A8%AE%E3%83%91%E3%82%B9%E3%83%AF%E3%83%BC%E3%83%89#%E5%A4%96%E9%83%A8%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%93%E3%82%B9]] 
  
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  • 最終更新: 2021/04/15 09:57
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