20210401

差分

このページの2つのバージョン間の差分を表示します。

この比較画面へのリンク

両方とも前のリビジョン 前のリビジョン
次のリビジョン
前のリビジョン
20210401 [2021/04/01 08:42] 133.11.144.1020210401 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
行 1: 行 1:
-====== 吉武先生のスクリプトのアウトプットファイルをパースしたHTMLファイルを生成するSingularityコンテナの作成 ====== 
- 
-==== 学生実験用Linuxを起動 ==== 
-  * HyperV Managerで学生実験用Linux(Ubuntu20.04)を起動 
-  * ''ssh -l training 192.168.253.157'' で学生実験用Linuxに接続(Pass:Programming) 
-  * このサイト[[https://qiita.com/tkyonezu/items/0f6da57eb2d823d2611d]]を元にDockerをインストール 
- 
-==== Dockerコンテナの作成 ==== 
-  * centos7 のimageをPull ''sudo docker pull centos:centos7'' 
-  * CentOS7コンテナにインタラクティブモードで接続。(HTMLファイルをパースするスクリプトがあるディレクトリをマウント) ''sudo docker run -it -v $PWD:$PWD -w $PWD --name srr\_parse baae83af349f bash'' 
- 
-  * コンテナ内でこのサイト [[https://qiita.com/witchcraze/items/592483c7625e881d771f]] に従い、Python3をインストール 
-  * コンテナ内でスクリプトファイルを ''/home/script'' 以下に移動 
-  * コンテナをExit 
-  * 先程のコンテナからイメージを作成 ''sudo docker commit srr\_parse_3 srr\_parse\_image:ver2'' 
-  * 作成したイメージでコンテナを起動。無事にHTMLファイルがカレントディレクトリに作成されることを確認 ''sudo docker run -v $PWD:$PWD srr\_parse\_image:ver2 python3 /home/script/srr\_parse.py $PWD/test.result '' 
- 
- 
-==== Singularityのインストール ==== 
-  * 必要なパッケージをインストール 
-'' sudo apt-get update && sudo apt-get install -y \ 
-    build-essential \ 
-    libssl-dev \ 
-    uuid-dev \ 
-    libgpgme11-dev \ 
-    squashfs-tools \ 
-    libseccomp-dev \ 
-    wget \ 
-    pkg-config \ 
-    git \ 
-    cryptsetup'' 
-  * Goをインストールする 
-''export VERSION=1.13.5 OS=linux ARCH=amd64 && wget https://dl.google.com/go/go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz && sudo tar -C /usr/local -xzvf go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz && rm go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz '' 
-  * Goへのpathを設定する 
-''echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:$PATH' >> ~/.bashrc &&   source ~/.bashrc'' 
-  * Singularityをダウンロード 
-''export SVERSION=3.5.2 && wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${SVERSION}/singularity-${SVERSION}.tar.gz && tar -xzf singularity-${SVERSION}.tar.gz && cd singularity'' 
-  * Singularity ソースコードをコンパイル 
-''./mconfig && make -C builddir && sudo make -C builddir install'' 
-  * 起動を確認 
- 
-''singularity help '' 
- 
-==== Singularityイメージの作成 ==== 
-  * DockerイメージからSingularityイメージへの変換[[https://qiita.com/kawazu191128/items/0eda32f43c42135cc35d]] 
- 
-  sudo singularity build srr\_parse\_ver2.sif docker-daemon://srr\_parse\_image:ver2 
- 
-  * Singularityコンテナを起動(学生実験用linuxで起動を確認)[[https://rnakato.hatenablog.jp/entry/2019/08/23/144656]] 
- 
-  singularity exec --bind $PWD:$PWD  ~/create\_container/srr\_parse\_ver2.sif  python /home/script/srr\_parse.py $PWD/test.result 
- 
-  * m50v251n3サーバでコンテナ実行(アウトプットのHTMLファイルの生成を確認) 
- 
-  singularity exec --bind $PWD:$PWD  ~/Ito/singularity/srr_parse_ver2.sif  python /home/script/srr_parse.py $PWD/6466df780f945d590977b30db60d6d56.gz.result   
- 
- 
-==== ファイル名を日付とメールアドレスのHASH値に変更 ==== 
- 
-  var hash = crypto.createHash("md5").update(dt + email).digest("hex"); 
-  var newfilename = "tmp/" + hash + ".gz"; 
-  fs.rename("tmp/" + filename, newfilename, (err) => { 
-        if (err) throw err; 
-  }); 
  
  • 20210401.1617266559.txt.gz
  • 最終更新: 2021/04/01 08:42
  • by 133.11.144.10