20210317

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20210317 [2021/03/17 08:04] – 133.11.144.1020210317 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
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-====== メールアドレスの正規表現チェックとSRAリンク取得 ====== 
- 
-==== メールアドレスの正規表現チェック(ブラウザ側) ==== 
- 
-テキストボックスに入力されたメールアドレスが正規表現にマッチしているか確認 
- 
-  var regex = /^[a-zA-Z0-9_.+-]+@([a-zA-Z0-9][a-zA-Z0-9-]*[a-zA-Z0-9]*\.)+[a-zA-Z]{2,}$/; 
-  //以下ボタンクリック時に実行する関数中 
-  email = $("#email")[0].value; 
-  if (!(regex.test(email))) { 
-    console.log("incorrect email address"); 
-    return 
-  } 
-==== メールアドレスの正規表現チェック(サーバ側) ==== 
- 
-サーバに送られたメールアドレスが正規表現にマッチしているかを確認 
- 
-  router.post('/upload', function (req, res, next) { 
-    var regex = /^[a-zA-Z0-9_.+-]+@([a-zA-Z0-9][a-zA-Z0-9-]*[a-zA-Z0-9]*\.)+[a-zA-Z]{2,}$/; 
-    if (!(regex.test(req.body.email))) { 
-        console.log("incorrect email address"); 
-        return 
-    } 
-    //res.render('uploaded'); 
-    console.log(req.body);   
-  }); 
- 
-==== アウトプットファイルからHTMLファイルを生成 ==== 
-アウトプットファイルからID,そのサンプル情報のURL,提出元,研究テーマ,サンプル名を取得し、HTMLファイルに出力するスクリプトを作成 
-  
-  # coding: utf-8 
-import sys 
-import subprocess 
-argv = sys.argv 
- 
-#引数からファイルを取得 
-result_f_name = argv[1] 
-result_f_name_header = result_f_name.replace(".result","") 
-result_f = open(result_f_name) 
- 
-url_template = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=" 
- 
-ol_header = "<ol>" 
-ol_footer = "</ol>" 
- 
-html_content = "" 
-html_content = html_content + ol_header 
- 
-rows_list = result_f.readlines() 
-for row in rows_list: 
-    #各行からIDだけを取得 
-    srr_id = row.split()[0] 
-    srr_id = srr_id.replace(".fastq","") 
-    # print(srr_id) 
- 
-    #各行からURLを作成 
-    url = url_template + srr_id 
-    # print(url) 
- 
-    #各行から生成したURLでアクセスし、HTMLファイルを取得し、サンプル情報などを取得 
-    cmd = ["bash", "html_parse.sh", url] 
-    res = subprocess.check_output(cmd).decode().split("\n") 
-    submited_by = res[0] 
-    study = res[1] 
-    sample = res[3] 
- 
-    #HTMLファイルの中身を作成 
-    html_content = html_content + "<li><a href=" + url + ">" + srr_id + "</a><ul><li>Submited by: " + submited_by + "</li><li>Study: " + study + "</li><li>Sample: " + sample + "</li></ul></li>" 
-    # print(submited_by) 
-    # print(study) 
-    # print(sample) 
- 
-html_content = html_content + ol_footer 
-# print(html_content) 
- 
-#アウトプットファイルとして保存 
-output_f_name = result_f_name_header + ".html" 
-output_f = open(output_f_name, "w") 
-output_f.write(html_content) 
-output_f.close() 
- 
-result_f.close() 
- 
- 
  
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  • 最終更新: 2021/03/17 08:04
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