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| 魚類以外でのinputファイル作成について [2022/03/24 03:34] – 133.11.144.12 | 魚類以外でのinputファイル作成について [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
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| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ====== 魚類以外でのInputファイル作成について ====== | ||
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| - | 以下の手順で行う。 | ||
| - | |||
| - | ===== スクリプトを入手 ===== | ||
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| - | Githubあるいは研究室サーバからInputファイル作成用のスクリプトを入手する。 | ||
| - | |||
| - | ①Githubから入手する場合は | ||
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| - | ``` | ||
| - | git clone https:// | ||
| - | ``` | ||
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| - | でたぶん行ける。（Tokenないとダメかもしれない。その場合はGithubから直接ダウンロードする） | ||
| - | |||
| - | ②研究室サーバから入手する場合 | ||
| - | ''/ | ||
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| - | ===== シーケンスデータを入手 ===== | ||
| - | |||
| - | 入手したシーケンスデータを１つのディレクトリの格納する。（/ | ||
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| - | ===== Pathの書き換え ===== | ||
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| - | '' | ||
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| - | ``` | ||
| - | # ------------ | ||
| - | |||
| - | # Scriptが配置されているディレクトリ | ||
| - | scriptdir=/ | ||
| - | # 各サンプルの一時ファイルを配置するディレクトリを格納するディレクトリ | ||
| - | tmpdir=/ | ||
| - | # サンプルデータを配置するディレクトリ(各ディレクトリでファイルの重複がないようにする必要がある) | ||
| - | edna_file_list=(/ | ||
| - | # MitoFishのBlast DBファイル | ||
| - | blastdb=/ | ||
| - | # inputファイルの出力先ディレクトリ | ||
| - | outputFileDirPath=/ | ||
| - | # AccessionIDからTaxonomy Pathへの変換に用いるファイル | ||
| - | accession2taxid=/ | ||
| - | # Taxonomy ID-> | ||
| - | taxid2taxpath=/ | ||
| - | # blasnのPath | ||
| - | blastPath=/ | ||
| - | |||
| - | # ------------ | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | ===== Inputファイル作成 ===== | ||
| - | |||
| - | 以下を実行 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | bash create_input_nonfish.sh SRA番号 | ||
| - | ``` | ||
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