参照配列なし_de_novo_rna-seq

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参照配列なし_de_novo_rna-seq [2017/09/29 23:56] – suikou参照配列なし_de_novo_rna-seq [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
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-# de novo RNA-seqについて 
  
-## 解析の流れとしては、下記のとおり。 
- 
-1. Trinityでトランスクリプトームアセンブル 
-https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki 
- 
-1. kallistoでマッピングおよび発現量定量 
-https://pachterlab.github.io/kallisto/ 
- 
-1. Trinotateでアノテーション (Uniprotへのblastx, GOアノテーション、シグナルペプチド予測、膜タンパク質予測、rRNA予測を含む) 
-http://trinotate.github.io/ 
- 
-1. blastnでNCBI NTデータベースを検索してアノテーション 
- 
-1. DESeq2による二群間比較検定 
-https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html 
- 
-## 使い方 
- 
-1. サーバにログインする。データ量にも依るがメモリ90GB以上のサーバを選ぶほうが無難。[[linux利用方法win|windowsから]], [[linux利用方法mac|macから]] 
- 
-1. 「work」フォルダ以下に適当なフォルダを作り(例：mkdir ~/work/test-denovo)、その中にIlluminaペアエンドシーケンスファイルを置く(gz圧縮されたFASTQファイルであること)。 
- 
-1. 次のファイルと同じファイル名のタブ区切りテキストファイルを作成する。内容は、フォワード側のシーケンスファイル名を列挙し、各ファイルの条件をタブ区切りで記入する。 
-[[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/trinity/sample.txt|sample.txt]] 
- 
-1. ターミナルを開いて、ファイルを置いたフォルダに移動する(例：cd ~/work/test-denovo)。 
- 
-1. IlluminaのTruSeq stranded sample prep kitsでサンプル調整した場合は、次のコマンドを入力する。 
-``` 
-script-RNAseq-denovo-strandspecific-pairedend.sh RF 
-``` 
-もしもSRAなどのデータを使うとき、strand specificかわからない場合は、単に 
-``` 
-script-RNAseq-denovo-strandspecific-pairedend.sh 
-``` 
-でよい。 
- 
-1. 数週間待つと次のような結果ファイルが得られる。 
-[[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/trinity/0_index.html|0_index.html]] 
- 
-## おまけ 
- 
-- FASTQCを実行したい場合は、ファイルを入れたフォルダに移動して、```run-multi-fastqc.sh```を実行すれば、次のような結果ファイルが得られる。 
-[[http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh_data/fastqc/index.html|index.html]] 
- 
-- アセンブルしたコンティグのN50などを計算したい場合は、```abyss-fac Trinity.fasta```を実行する。 
  • 参照配列なし_de_novo_rna-seq.1506729391.txt.gz
  • 最終更新: 2017/09/29 23:56
  • by suikou