スパコン利用方法

差分

このページの2つのバージョン間の差分を表示します。

この比較画面へのリンク

両方とも前のリビジョン 前のリビジョン
次のリビジョン		 前のリビジョン
スパコン利用方法 [2019/03/19 04:20] – [自分のアカウントを作成する] 157.82.70.85スパコン利用方法 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
行 1: 行 1:
-# スパコン利用方法 
  
-m24などの適当なサーバにログインする 
- 
-su - suikou 
- 
-(pass: suikou) 
- 
-ssh -l kyoshita slogin.hgc.jp 
- 
-これで東大医科研のスパコンにログイン出来る。 
- 
-ログインしたら、まずは 
- 
-qlogin 
- 
-を入力して、 
- 
-それから解析したいコマンドが例えば手元のPCで行う場合に、 
- 
-blastn -db nt -query test.fasta -outfmt 6 -num_threads 4 
- 
-とかの場合、スパコンでは 
- 
-qsub ~/qsubsh4 "blastn -db nt -query test.fasta -outfmt 6 -num_threads 4" 
- 
-とするとグリッドエンジンにジョブを投げてくれます。 
- 
-# 自分のアカウントを作成する 
- 
-自分自身のスパコンアカウントを使用したい場合、新たに鍵認証登録を行う必要がある。 
- 
-まずm48などの適当なサーバーにログインし、 
- 
-<code> 
-ssh-keygen -f ~/.ssh/id_rsa_hgc #すでにsuikouサーバーへの認証設定をしている場合id_rsaが重複するので、-fオプションでファイル名を新たに指定する。 
-cat ~/.ssh/id_rsa_hgc.pub 
-ssh-rsa tADNJEKdsmkldgnlksnglkLKFklfklgklseignlkm;agioee-fp@@@ojgk kijima.yusuke@m48 #こんなかんじのファイルができる 
-</code> 
- 
-表示した%%id_rsa_hgc.pub%%の中身をコピーして[[https://keykey.hgc.jp/]]の窓に貼り付けて保存。 
- 
-数分待つとログインが可能になり、次のコマンドでログインできる。 
- 
-<code> 
-ssh -l ユーザー名 slogin.hgc.jp -i ~/.ssh/id_rsa_hgc 
-</code> 
- 
-なお、自分側のPC(ここではsuikouサーバーのm48)で~/.ssh/configをvim等で開き、 
- 
-<code> 
-Host spakon.hgc #好きなアクセス名を書く 
-Hostname slogin.hgc.jp  
-User ha5656 #スパコンのユーザー名 
-IdentityFile ~/.ssh/id_rsa_hgc 
-</code> 
- 
-これで 
- 
-<code> 
-ssh spakon.hgc 
-</code> 
-でm48からスパコンにアクセスできるようになる。 
- 
-# ファイルの転送方法 
- 
-suikou ユーザで解析サーバにログインして、 
- 
-scp file.fastq kyoshita@slogin.hgc.jp:~/ 
- 
-ディレクトリごと転送する場合は 
- 
-scp -r dir kyoshita@slogin.hgc.jp:~/ 
- 
-とすればよい。 
  • スパコン利用方法.1552969213.txt.gz
  • 最終更新: 2019/03/19 04:20
  • by 157.82.70.85