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| スパコン利用方法 [2019/03/18 05:53] – 192.51.223.100 | スパコン利用方法 [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1 | ||
|---|---|---|---|
| 行 1: | 行 1: | ||
| - | # スパコン利用方法 | ||
| - | m24などの適当なサーバにログインする | ||
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| - | su - suikou | ||
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| - | (pass: suikou) | ||
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| - | ssh -l kyoshita slogin.hgc.jp | ||
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| - | これで東大医科研のスパコンにログイン出来る。 | ||
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| - | ログインしたら、まずは | ||
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| - | qlogin | ||
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| - | を入力して、 | ||
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| - | それから解析したいコマンドが例えば手元のPCで行う場合に、 | ||
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| - | blastn -db nt -query test.fasta -outfmt 6 -num_threads 4 | ||
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| - | とかの場合、スパコンでは | ||
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| - | qsub ~/qsubsh4 " | ||
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| - | とするとグリッドエンジンにジョブを投げてくれます。 | ||
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| - | # 自分のアカウントを作成する | ||
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| - | 自分自身のスパコンアカウントを使用したい場合、新たに鍵認証登録を行う必要がある。 | ||
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| - | まずm48などの適当なサーバーにログインし、 | ||
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| - | < | ||
| - | ssh-keygen -f ~/ | ||
| - | cat ~/ | ||
| - | </ | ||
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| - | # ファイルの転送方法 | ||
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| - | suikou ユーザで解析サーバにログインして、 | ||
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| - | scp file.fastq kyoshita@slogin.hgc.jp: | ||
| - | |||
| - | ディレクトリごと転送する場合は | ||
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| - | scp -r dir kyoshita@slogin.hgc.jp: | ||
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| - | とすればよい。 | ||