差分

このページの2つのバージョン間の差分を表示します。

--- サーバスペック [2020/09/10 05:15] – [ベンチマーク] 118.240.79.152
+++ サーバスペック [Unknown date] (現在) – 削除 - 外部編集 (Unknown date) 127.0.0.1
@@ 行 1: / 行 1: @@
-# 研究室内サーバスペック
-## メモリ・CPU
-```
-HOSTNAME                ARCH         NCPU  LOAD  MEMTOT  MEMUSE  SWAPTO  SWAPUS
--------------------------------------------------------------------------------
-global                  -               -     -       -       -       -       -
-lenocent2               lx24-amd64      4  0.01    9.8G    8.8G    4.9G     0.0
-m12                     lx24-amd64      8  0.01   11.6G    1.5G   64.0G     0.0
-m128                    lx24-amd64     40  0.02 1511.9G   16.3G    4.0G     0.0
-m128b                   lx24-amd64     32  0.01  755.9G    5.7G   32.0G     0.0
-m128i                   lx24-amd64     32  0.01  503.9G    3.5G    4.0G     0.0
-m16                     lx24-amd64      4  0.01   15.5G    1.6G    7.8G     0.0
-m208                    lx24-amd64     32  0.01  204.5G    7.6G    4.0G  380.5M
-m24                     lx24-amd64      8  0.02   23.5G    1.9G   13.8G     0.0
-m24m                    lx24-amd64     12  0.01   23.5G  686.5M   11.8G     0.0
-m24n                    lx24-amd64      8  0.01   23.5G  753.0M   11.8G     0.0
-m256                    lx24-amd64     64  0.06  503.9G    4.3G    4.0G     0.0
-m256i                   lx24-amd64     16  0.04  503.9G    3.5G   40.0G     0.0
-m256y                   lx24-amd64     16  0.01  251.5G   23.5G    4.0G    1.0M
-m32                     lx24-amd64      8  0.03   31.3G  515.8M   15.7G     0.0
-m32i                    lx24-amd64      8  0.01   31.4G  366.6M   15.8G     0.0
-m32s                    lx24-amd64      6  0.04   31.1G   14.6G   15.6G   98.5M
-m384                    lx24-amd64     32  0.02  251.9G    2.4G    4.0G     0.0
-m50v311n1               lx24-amd64     16  0.01   49.1G  915.7M   24.6G     0.0
-m512                    lx24-amd64     64  0.01  440.9G    3.7G    4.0G     0.0
-m64g                    lx24-amd64     20  0.01   62.8G    2.8G   31.4G     0.0
-m64k                    lx24-amd64      8  0.01   62.9G    1.9G   31.5G     0.0
-m64m                    lx24-amd64      8  0.01   60.9G  918.4M   15.8G     0.0
-m768                    lx24-amd64     16  0.12  755.7G   10.3G    4.0G     0.0
-m8                      lx24-amd64      8  0.03    7.7G  752.3M    7.8G     0.0
-m8b                     lx24-amd64      2  0.01    7.8G  970.5M    2.0G     0.0
-m96                     lx24-amd64     12  0.01   94.4G    1.5G    4.0G     0.0
-m96b                    lx24-amd64     12  0.01   94.4G   31.5G   11.8G     0.0
-```
-## ベンチマーク
-BWAでサーバの全CPUを使って1GB程度のFASTQをゲノムにマッピングしたときに計算にかかった時間
-```
-m128       7.62 s
-m384       8.63 s
-m128i      8.91 s
-m128b      9.65 s
-m256       9.68 s
-m208       11.13 s
-m512       11.27 s
-m64g       12.41 s
-m50v311n1  12.77 s
-m768       13.48 s
-m96        14.08 s
-m256i      14.67 s
-m96b       14.99 s
-m256y      15.44 s
-m24m       19.47 s
-m8         23.46 s
-m32        23.52 s
-m24n       24.63 s
-m64k       27.05 s
-m64m       30.86 s
-m32s       33.89 s
-m12        39.38 s
-m24        40.04 s
-m16        53.26 s
-lenocent2  60.07 s
-m8b        84.78 s
-```
-BWAでサーバの1 CPUだけを使って1GB程度のFASTQをゲノムにマッピングしたときに計算にかかった時間
-```
-m50v311n1  105.15 s
-m64g       110.84 s
-m8         113.04 s
-m32        114.21 s
-m24n       117.35 s
-m768       120.68 s
-m256y      124.59 s
-m128i      124.86 s
-lenocent2  126.44 s
-m384       129.96 s
-m24m       130.96 s
-m64k       134.13 s
-m96        134.42 s
-m256i      135.47 s
-m128b      137.04 s
-m128       139.68 s
-m208       146.47 s
-m96b       147.57 s
-m24        154.50 s
-m8b        163.17 s
-m12        174.79 s
-m256       175.34 s
-m512       177.06 s
-m16        188.91 s
-m32s       191.24 s
-m64m       194.37 s
-```
-結論：シングルCPUだけを使った場合の性能はそんなに変わらないけど、最新のAMD Ryzenが仮想PCなのにちょっと速かった。全力で全CPUを使ってマッピングした場合、INTEL XEON E5-3690系のm128, m128b, m128i, m384が上位を独占。1台だけで全力でやるならこれらのサーバが速い。64コアもあるAMD Opteronのm256、m512はスレッド当たりの速度がXEONの半分くらいのようで、XEONの32スレッドと同じくらいなのが残念。
-## GPU
-```
-for i in m12 m16 m24 m48 m64 m64k m96 m128 ionproton m256 m256i m384 m512 m768; do echo $i; ssh $i /usr/sbin/lspci |grep -i vga; done
-m12
-:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GT218 [GeForce 210] (rev a2)
-m16
-d:00.0 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. MGA G200e [Pilot] ServerEngines (SEP1) (rev 02)
-m24
-:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GT218 [GeForce 210] (rev a2)
-m48
-:03.0 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. MGA G200eW WPCM450 (rev 0a)
-m64
-:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF116 [GeForce GTX 550 Ti] (rev a1)
-m64k
-:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF119 [GeForce GT 610] (rev a1)
-m96
-:03.0 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. MGA G200eW WPCM450 (rev 0a)
-m128
-:01.0 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. MGA G200eW WPCM450 (rev 0a)
-ionproton
-:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF110GL [Tesla C2050 / C2075] (rev a1)
-a:00.0 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. G200eR2
-:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF110GL [Tesla C2050 / C2075] (rev a1)
-m256
-:04.0 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. MGA G200eW WPCM450 (rev 0a)
-m256i
-:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF119 [GeForce GT 610] (rev a1)
-m384
-:01.0 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. MGA G200eW WPCM450 (rev 0a)
-:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF119 [GeForce GT 610] (rev a1)
-m512
-:04.0 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. MGA G200eW WPCM450 (rev 0a)
-m768
-:00.1 VGA compatible controller: Matrox Electronics Systems Ltd. MGA G200EH (rev 01)
-```