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| - | # 研究室の解析サーバについて | ||
| - | 次世代シーケンサーのデータ解析にはLinuxというWindowsでもMacでもないOSが使われます。研究室のLinuxサーバたちは購入時期がバラバラでスペックが異なるため、一番解析に影響するメモリー容量をもとにサーバの名前をつけています。（例：16GBのメモリーならm16) | ||
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| - | また、どのサーバにログインしても基本的に使用できるコマンドは同じになるように設計されています。 | ||
| - | サーバの一覧や使用状況は[[zabbix]]で見て下さい。空いているサーバならどれを使用しても基本的には大丈夫です。 | ||
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| - | ただし、いくつか例外があって、下記のサーバでしか動かないソフトがあります。下記のサーバは下記の用途で使用するため、他の目的では出来るだけ使用しないでください。 | ||
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| - | |サーバ名|| | ||
| - | |m1536|CLC Genomics Workbench| | ||
| - | |m768c|CLC Genomics Workbench, Geneious| | ||
| - | |m448, m256y, m64g, m48g|GPUを使うソフト| | ||
| - | |m768|Sequence ServerなどのWEBツール| | ||
| - | |m32s|共有ホームを提供しているサーバ、これが止まると全サーバが停止する| | ||
| - | |m24|グリッドエンジンのマスターサーバ| | ||
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| - | またm512, m512bは調子が悪く、CPUを10コア以上長時間稼働させると再起動してしまうので注意。 | ||
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| - | サーバを使用するときは、[[zabbix]]でCPU使用率を見て空いているサーバを選ぶこと。 | ||
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| - | 解析には通常ストレージを100GB以上使用するので、空き容量の多いサーバも[[zabbix]]で確認しておくこと。 | ||
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| - | ログインの方法は、今まで全くLinuxに触れたことがなければ、Remote Desktopでサーバに接続するほうがわかりやすいかも。慣れてくるとRemote Desktopは重たいのでsshで接続するようになると思う。 | ||
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| - | - Remote Desktopの接続方法：[[http:// | ||
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| - | - SSH接続方法：[[linux利用方法win|Windows]] [[linux利用方法mac|Mac]] | ||
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| - | サーバにログインした後は、なるべくworkフォルダに移動して解析を行うこと。もしくは、workフォルダに結果を保存すること。workフォルダは各サーバの「/ | ||
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| - | ホームフォルダやデスクトップに置いてあるworkフォルダは各サーバごとに固有であるが、他のサーバのworkフォルダを見ることも可能である。その場合は、filesフォルダを開いて、目的のサーバの名前を開いて、自分の名前を開けば良い。（例：~/ | ||